Vilniaus kompiuterininkų akademijoje tradicinis mokymas derinamas su moderniu, naudojant tradicines praktines paskaitas ir alternatyvius e. mokymosi būdus. Čia mokydamiesi moksleiviai susipažįsta su aukštosios mokyklos mokymo proceso organizavimo ypatumais, išmoksta universitetinio bendravimo, įgyja kai kurių specializacijų pagrindus. Mokykloje įgyjami darbo kompiuteriu pagrindai, grafinių, daugialypės terpės programų taikymo įgūdžiai, programavimo žinios padeda moksleiviams tolimesniuose studijose ar įsiliejant į darbo rinką.
Mokymo programos adaptuotos skirtingoms amžiaus grupėms. Taip moksleiviams suteikiama galimybė Vilniaus kompiuterininkų akademijoje mokytis ne vienerius metus, kasmet įgyjant aukštesnės pakopos žinias ir įgūdžius.

VKA studijų programos

4-5 klasių moksleivių mokymo programos (pradedančiųjų grupės)

6-7 klasių moksleivių mokymo programos (jaunučių grupės)

8 klasių moksleivių mokymo programos (jaunių grupės)

9-12 klasių moksleiviai gali rinktis vieną iš specializacijų:

• verslo vadyba 
• architektūra
• grafinis ir interjero dizainas
• programavimas
• drabužių dizaino technologijos